生物发酵搅拌器的选择是设计过程中的关键一步，是一个相当复杂的过程。影响因素不仅很多，而且相互之间相互联系、相互制约。在同一个应用系统中可以使用几个不同的生物发酵搅拌器，以实现混合效果和更好的经济性之间的平衡和折衷。选择一个好的生物发酵搅拌器 是选型的目标。
生物发酵搅拌器的形式和混合特性很大程度上决定了系统的混合效果。因此生物发酵搅拌器的选择直接影响整个搅拌反应器的成本和运行费用。
对于给定的搅拌过程，搅拌装置的选择和设计没有成熟的方法。目前大多靠经验和对放大技术的掌握。生物发酵搅拌器一般选择要保证物料的混合，耗电少，要求成本低，操作方便，易于制造和维护。
如何正确开启生物发酵搅拌器？安装生物发酵搅拌器装置后，先不要启动，然后观察周围环境，用手转动生物发酵搅拌器看看有没有阻碍生物发酵搅拌器转动的东西。确认后才能启动生物发酵搅拌器。
1.当槽或搅拌罐中放入一定量的物料时，可通过控制箱打开生物发酵搅拌器电源。
2.如果反应釜或搅拌罐内没有物料，且处于空转状态；时间不要太长，不要超过2-3分钟。一般空转几十秒就够了，因为生物发酵搅拌器如果悬臂过长，长时间空转，会影响搅拌轴的使用寿命，还容易使搅拌轴弯曲，损坏机械密封的密封面。比较好的方法是用手转动，空转几十秒，即根据投料系数，放入一定量的物料，然后正常运转。
使用生物发酵搅拌器时有一定的危险性，所以我们要确定周围的环境，可以提供一个保证，其中生物发酵搅拌器在使用过程中一定不能闲置，以免设备损坏，耽误使用。