生物發酵攪拌器的選擇是設計過程中的關鍵一步，是一個相當複雜的過程。影響因素不僅很多，而且相互之間相互聯系、相互制約。在同一個應用系統中可以使用幾個不同的生物發酵攪拌器，以實現混合效果和更好的經濟性之間的平衡和折衷。選擇一個好的生物發酵攪拌器 是選型的目標。
生物發酵攪拌器的形式和混合特性很大程度上決定了系統的混合效果。因此生物發酵攪拌器的選擇直接影響整個攪拌反應器的成本和運行費用。
對于給定的攪拌過程，攪拌裝置的選擇和設計沒有成熟的方法。目前大多靠經驗和對放大技術的掌握。生物發酵攪拌器一般選擇要保證物料的混合，耗電少，要求成本低，操作方便，易于制造和維護。
如何正確開啓生物發酵攪拌器？安裝生物發酵攪拌器裝置後，先不要啓動，然後觀察周圍環境，用手轉動生物發酵攪拌器看看有沒有阻礙生物發酵攪拌器轉動的東西。確認後才能啓動生物發酵攪拌器。
1.當槽或攪拌罐中放入一定量的物料時，可通過控制箱打開生物發酵攪拌器電源。
2.如果反應釜或攪拌罐內沒有物料，且處于空轉狀態；時間不要太長，不要超過2-3分鍾。一般空轉幾十秒就夠了，因爲生物發酵攪拌器如果懸臂過長，長時間空轉，會影響攪拌軸的使用壽命，還容易使攪拌軸彎曲，損壞機械密封的密封面。比較好的方法是用手轉動，空轉幾十秒，即根據投料系數，放入一定量的物料，然後正常運轉。
使用生物發酵攪拌器時有一定的危險性，所以我們要確定周圍的環境，可以提供一個保證，其中生物發酵攪拌器在使用過程中一定不能閑置，以免設備損壞，耽誤使用。